游戲的最開始，需要追溯到很久以前的時候，在西班牙爆發(fā)了一場流感，一個名為米蘭達的女人在那場災變中失去了自己的女兒伊娃，傷心欲絕的她在女兒的埋骨處發(fā)現(xiàn)了一處洞窟，里面有一種從未見過的真菌能夠吸收死者的意識，被她恭敬地稱為“菌主”，真菌的能力這給了她啟發(fā)，給了她能夠復活女兒的希望。
往后的日子，她在生活的村子里不斷尋找村民做霉菌實驗，企圖找到能和霉菌完美契合的“容器”為自己的女兒“降生”。為了提高尋找容器的效率，米蘭達創(chuàng)造了一種名為“恩賜”的寄生體，用于感染。
被感染的村民大部分都不會與之契合，從而變成狼人一類的怪物，而這些怪物是可以被米蘭達所操控的。而能夠契合的有四個人，他們都獲得了不俗的力量，被米蘭達稱為自己的“孩子”，也被村里的村民們供奉為貴族。
往后多年，米蘭達和貴族們一直作為村莊的信仰一般存在，他們暗地里抓捕各種外界人進行實驗，而表面上則作為庇佑村莊的神，給村民們營造村莊和平寧靜的假象。除此之外，米蘭達禁止村內(nèi)的人離開，不允許外界的消息滲入村莊，這使得村莊的異常多年來完全不被察覺。
當年，保護傘公司的三大創(chuàng)始人之一，年輕的斯賓塞還只是個學生，米蘭達作為他的恩師，曾經(jīng)給他啟迪——利用生物感染來迅速引發(fā)生物變異。然而由于米蘭達一心只想復活自己的女兒伊娃，跟想改變?nèi)澜?有點中二)的斯賓塞在觀念上起了沖突，這讓斯賓塞把目光從真菌投向了病毒，他離開了米蘭達所在的村莊，并在非洲的地下發(fā)現(xiàn)了始祖病毒，便同自己的兩位好伙伴馬庫斯和愛德華建立了保護傘公司來研究病毒。這個時候，斯賓塞曾經(jīng)的左膀右臂布蘭登·培里，由于跟斯賓塞在理念上有所相悖而漸漸疏遠，他利用了當年在非洲研究所的人脈，建立起了另一個生化的犯罪網(wǎng)絡(luò)，目前得知他所建立的這個組織名為“聯(lián)盟”，并活躍于世界各地。
不久，1998年，浣熊市事件的爆發(fā)，馬庫斯被謀殺，阿士福德家族的衰落，斯賓塞的逃竄，各種事情接踵而至，保護傘公司也逐漸隕落，直至消亡……布蘭登·培里，作為一個極為精明的人物，就在保護傘公司在反生化戰(zhàn)斗的風口浪尖之際，培里暗中聯(lián)系了米蘭達，想向她提供幫助，從而從她手中拿到了一些霉菌和伊娃的DNA。
“聯(lián)盟”利用這些霉菌，和另一個生化組織H.C.F聯(lián)合。設(shè)計之初，他們希望能制造出“期望能以最小的直接接觸來消滅大量的戰(zhàn)斗人員”這樣的生化兵器。研究出A到E的五個系列之后，最后只有E系列完美適配，且外觀設(shè)計為10歲左右的小女孩，以便于混入人群之中。
最終，這個小女孩被稱為“伊芙琳”。
2014年，國際反生化組織bsaa的重要人物克里斯逐漸查明，并逼近“聯(lián)盟”的歐洲分布研究所。收到消息的聯(lián)盟成員緊急命令伊芙琳的監(jiān)管員——米婭和艾倫運送伊芙琳，乘坐天然氣運輸船“安娜貝爾號”，前往美國分公司。
然而途中由于伊芙琳暴走，整個船上包括艾倫在內(nèi)的船員基本被消滅，船只沉毀。
而米婭認為自己命不久已，在船沉前給自己的丈夫伊森發(fā)送了一段影像，表明自己欺騙了他并讓他不要尋找她并開始新的人生。
當天，由于颶風氣候，沉船殘骸被沖到路易桑納州的一處港口，奄奄一息的米婭和伊芙琳被居住在附近農(nóng)場的杰克貝克救起并帶回家中，善良的貝克一家四口人原本想好好款待這兩位受難者，結(jié)果當天晚上伊芙琳就感染了杰克貝克一家人。
當聯(lián)盟的人趕到貝克農(nóng)場時，驚奇的發(fā)現(xiàn)伊芙琳對這里環(huán)境適應性較好，沒有發(fā)生突然的暴走，如果插手轉(zhuǎn)移可能會有不堪的后果，于是決定初期治愈了貝克家的二兒子，把他當作監(jiān)視伊芙琳試驗體情況變化的棋子，并在農(nóng)場附近的礦洞開設(shè)了臨時的研究機構(gòu)，派遣組織內(nèi)部成員來實地研究真菌。
由于伊芙琳對“家庭”的概念極深，她試圖控制米婭卻常常以米婭暴走，多次嘗試未果后就讓被控制的杰克和妻子瑪格麗特綁架周圍的居民，路人等，并對他們實施感染，使之變異為菌獸，強行組建自己的家庭。
這樣的生活持續(xù)三年后，2017年，仍希望米婭成為自己母親的伊芙琳發(fā)現(xiàn)米婭對自己的丈夫伊森仍有念想，便操控米婭給自己的丈夫發(fā)送了一封來路易桑納州找自己的郵件。
收到信件后的伊森獨自前往路易桑納州后，才發(fā)現(xiàn)自己的妻子變成了怪物，自己也被貝克一家綁架。正當自己逃離無計時，貝克家受感染比較輕的佐伊貝克仍保持著理智，她選擇幫助伊森和米婭殺死了自己早已失控的父母，并逃離了伊芙琳的魔爪。
最后，克里斯等一眾藍色保護傘公司成員及時趕到了貝克農(nóng)場，救下了三名幸存者。
在伊芙琳被消滅后，克里斯緊接著也消滅了躲在幕后的盧卡斯并開始對這次事件的源頭進行追查。
與此同時，bsaa對三名幸存者進行了監(jiān)禁，并且為了掩蓋他們在這次恐怖襲擊中產(chǎn)生的失誤，他們抹除了對于伊芙琳事件的真相，發(fā)布官方消息為“毒氣泄露事件”引發(fā)的貝克一家人的死亡。
對于伊森和米婭，兩位作為事件重要的見證人，則被一直安排在嚴格的監(jiān)視之中，他們被強制安排了新的身份，并被送去歐洲某國開始新的生活，聲稱這是為了躲避聯(lián)盟的追查。
相比起米婭希望能夠忘了發(fā)生過的一切，伊森表現(xiàn)出強烈的不滿與憤怒，但最終也只能妥協(xié)。兩人開始了新的生活，并在三年后，生下了一個女兒，取名為蘿絲。
聯(lián)盟對伊芙琳事件的大失敗傳入米蘭達耳中，她也得知了蘿絲的存在，經(jīng)過測試也發(fā)現(xiàn)了蘿絲對于真菌的適配性極高，于是她決定綁架蘿絲做復活女兒的“容器”。
在知道伊森和米婭的生活地點后，她偷偷綁架了米婭，并利用自己的能力變成了米婭的模樣，尋找機會擄走蘿絲。
2021年，三年來一直在追查事情真相的克里斯得知了自己曾經(jīng)深信不疑的bsaa為了抹除自己的錯誤所做的一切，他表示自己不可能坐視不管，他開始獲取bsaa高層的機密文件，并私自調(diào)用了組織中的精銳部隊，獵狼小隊。這一舉動無疑驚動了bsaa高層，他們開始向克里斯提出警告。
這時，克里斯得知米蘭達在伊森的住處這一消息后，立即前往伊森的住處，當著伊森的面，射殺了偽裝成米婭的米蘭達。由于不清楚伊森是否被感染，便讓人擊暈了伊森，帶走了蘿絲。
在運送兩人一“尸”的途中，米蘭達突然活過來，制造了車禍，并帶走了蘿絲。醒來后的伊森一路尾隨，到達了米蘭達掌控多年的村莊。
在車禍結(jié)束后，載著另一輛車的克里斯找到了運輸車的殘骸，但是沒看到運送的那三個人，感到事情開始變糟的克里斯帶領(lǐng)自己的獵狼小隊進入村莊，開始尋找失蹤的三人。
這個時候，為了通過“儀式”讓自己的女兒伊娃重新降生，米蘭達將蘿絲用真菌感染成結(jié)晶石，并分成了四個部分放入四個盒子里，交給了四大貴族。同時，讓那些被關(guān)押在村莊外據(jù)點的狼人占領(lǐng)整個村莊，阻止外界人介入自己的儀式。
在村莊一路調(diào)查的伊森不久就被米蘭達發(fā)現(xiàn)，并被擒獲，見到了米蘭達手下的四大貴族——城堡主人蒂米特雷斯庫夫人，木偶師唐納·貝內(nèi)文托，水庫怪物莫羅，工廠廠主海森伯格。
此時，本想玩弄伊森致死的海森伯格將伊森推入滿是陷阱的坑洞中，卻不料被伊森逃脫。
隨后，伊森誤入蒂米特雷斯庫城堡，再次被蒂米特雷斯庫和她的女兒抓住。在逃亡過程中他得知這座城堡曾經(jīng)以獨特的葡萄酒釀“處女的鮮血”聞名，而它的主人蒂米特雷斯庫夫人本身也是一個擁有遺傳血液病，在被米蘭達控制以后不得不吸食他人血液的怪物，而她的女兒則是由于“恩賜”所托，由許多害怕寒冷的食肉昆蟲幻化而成的，這才導致了這四個人如此暴虐嗜血，經(jīng)常將女仆關(guān)入地牢，并榨干鮮血，尸體在之后被真菌感染，同樣變成了可怖的吸血鬼。最后，伊森利用冷風殺死了三個女兒，用淬毒的“死花短刀”配合槍械，殺死了蒂米特雷斯庫夫人，并逃離了城堡。
逃離城堡后的伊森，為了收集自己女兒的四個部分，來到了遠在高山上的貝內(nèi)文托家，貝內(nèi)文托家主是一個罹患嚴重精神病的少婦，從小喪失雙親的她，由于臉上的疤痕而特別的自閉，只喜歡同自己父親留下來的娃娃——安吉小姐講話，受到米蘭達感染后，唐納給自己的娃娃都放進了“恩賜”，讓他們擁有了“扭曲的生命”，并發(fā)現(xiàn)自己能夠通過分泌一些特殊物質(zhì)，來讓被真菌感染的花卉產(chǎn)生花粉，吸入的人會因此產(chǎn)生幻象。因此，伊森在進入貝內(nèi)文托家后，不斷看到自己的妻子和各種各樣的怪物的幻象。在一場戰(zhàn)斗后，伊森用鋒利的剪刀插死了木偶師唐納，最終破除了幻象，離開了貝內(nèi)文托家
接著，為了拿到女兒剩余部分的伊森找到了盤踞在水庫的水怪莫羅。由于長年累月的感染，以及對真菌極差的適應性，莫羅產(chǎn)生了類似于魚鰓早已在外觀上就是一個惡心的怪物，他對米蘭達作為母親的依賴程度極高，常常在自己水庫旁的山上抓來許多人做“恩賜”實驗，來幫母親篩選容器，造出了大量的狼人和怪物。為了阻止伊森逃離，他變成了巨大的水怪截路，經(jīng)過一系列挫折后，伊森最終還是將其擊敗離開了水庫。
相比于另外三人對米蘭達的衷心不同，海森伯格由于跟“恩賜”的適配性極佳，身體內(nèi)的臟器被放入發(fā)電機，產(chǎn)生了類似電鰩的放電能力和產(chǎn)生磁場的能力，但對于自己身體的被改造，海森伯格對米蘭達對自己的所作所為恨之入骨，他對米蘭達稱自己為兒子的行為作嘔，所以他在自己的工廠里拿各種各樣的感染者做實驗，讓他們與機械部件，發(fā)動機結(jié)合，變成自己反抗米蘭達的機器人大軍。
在蘿絲來到村莊后，海森伯格發(fā)現(xiàn)了米蘭達對于這個外來的嬰兒的態(tài)度，以為這個嬰兒擁有米蘭達都無法戰(zhàn)勝的能力，他覺得自己的機會來了。在得知伊森解決了除了自己以外的三大貴族的海森伯格十分驚訝伊森的力量。他指引集齊了女兒四個部分的伊森來到自己的工廠見面，并提出想和伊森聯(lián)手，利用他的女兒來戰(zhàn)勝米蘭達，但是作為父親，伊森并不想將自己的孩子當成武器，也不想聽取海森伯格這樣一個危險人物的意見。在交涉無果之后，氣急敗壞的海森伯格將伊森推入自己的工廠，并讓自己的機器人大軍來追殺伊森。最后，伊森在工廠底部遇見了一直在追查米蘭達的克里斯，并在他的幫助下，炸毀了工廠并擊敗海森伯格。
此時，克里斯來電話讓伊森不要輕舉妄動，然而米蘭達忽然出現(xiàn)，掏出了伊森的心臟殺死了他。
克里斯得知伊森死掉的消息后帶領(lǐng)全隊成員回到村莊，見到了地下控制著全村的“菌主”，并安裝好了炸彈。離開之際，他還在村莊的地牢里發(fā)現(xiàn)了米蘭達和斯賓塞的關(guān)聯(lián)，也找到了被關(guān)押在這里的，真正的米婭。此時，米婭透露出了伊森異于常人的體質(zhì)，表示伊森還沒有死?？死锼惯@才安頓好米婭，來到村莊的祭祀地尋找伊森。
此前，復活的伊森身體被村外的商人伯爵所救，從工廠帶回了村莊，他也得知了自己早在三年前就被杰克貝克殺死了，他的身體全都是真菌構(gòu)成，所以才沒有被米蘭達殺死。
臨終之際，伊森拖著已經(jīng)瀕臨崩潰的身體，帶著要救下自己女兒的信念來到村外的祭祀地，打斷了正在儀式的米蘭達，并殺死了她。
最后，在晨曦中，行將就木的伊森決定留在村莊里，臨終前把自己的女兒交給了克里斯，并讓他好好照顧她，在炸彈聲中，和菌主同歸于盡了。
十五年后，長大成人的女兒蘿絲在父親的生日那天，來到了父親的墳墓前，匆匆放下看望父親帶來的花，還沒說上幾句話，她又趕往下一個任務(wù)了。
父親的故事，最終還是結(jié)束了。
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